Проблемы с pkg : он сошёл с ума и жаждет крови^W удалять пакеты !

[skv]

Джентльмены, доброе время суток.

Суть проблемы такова - при попытке установить что-либо, pkg жаждет удалить ряд пакетов, не имеющих отношения к устанавливаемому.
Подскажите, кто может, как такое починить?

Код: Выделить всё

qwerty@asdfg:~$ sudo pkg update -f
Updating FreeBSD repository catalogue...
Fetching meta.txz: 100%    944 B   0.9kB/s    00:01    
Fetching packagesite.txz: 100%    6 MiB   1.4MB/s    00:05    
Processing entries: 100%
FreeBSD repository update completed. 32580 packages processed.
All repositories are up to date.
qwerty@asdfg:~$
qwerty@asdfg:~$   sudo pkg install --dry-run tmux
Updating FreeBSD repository catalogue...
FreeBSD repository is up to date.
All repositories are up to date.
The following 12 package(s) will be affected (of 0 checked):

Installed packages to be REMOVED:
	emacs-25.3_4,3
	mod_php72-7.2.5
	apache24-2.4.33_1
	avahi-app-0.6.31_6
	cups-2.2.7
	ghostscript9-agpl-base-9.16_5
	ImageMagick-nox11-6.9.9.28,1
	gtk2-2.24.32
	gconf2-3.2.6_5
	vim-8.1.0039
	gtk3-3.22.29

New packages to be INSTALLED:
	tmux: 2.7

Number of packages to be removed: 11
Number of packages to be installed: 1

The operation will free 343 MiB.
255 KiB to be downloaded.

Помогите разобраться, пожалуйста, и установить уже tmux
Не может же быть, чтоб он конфликтовал с vim, cups, apache, emasc, ...

[Хостинг HostFood.ru]

Тарифы на хостинг в России, от 12 рублей: https://www.host-food.ru/tariffs/hosting/
Тарифы на виртуальные сервера (VPS/VDS/KVM) в РФ, от 189 руб.: https://www.host-food.ru/tariffs/virtualny-server-vps/
Выделенные сервера, Россия, Москва, от 2000 рублей (HP Proliant G5, Intel Xeon E5430 (2.66GHz, Quad-Core, 12Mb), 8Gb RAM, 2x300Gb SAS HDD, P400i, 512Mb, BBU):
https://www.host-food.ru/tariffs/vydelennyi-server-ds/
Недорогие домены в популярных зонах: https://www.host-food.ru/domains/

[skv]

Код: Выделить всё

qwerty@asdfg:~$ uname -a
FreeBSD msk10-web07 11.2-RELEASE-p4 FreeBSD 11.2-RELEASE-p4 #0: Thu Sep 27 08:16:24 UTC 2018     root@amd64-builder.daemonology.net:/usr/obj/usr/src/sys/GENERIC  amd64

qwerty@asdfg:~$ pkg -v
1.10.5

Живёт под какой-то виртуализацией (можно уточнить, если это важно).

На корабле несколько капитанов (не прод всё же), часть пакетов поставлены из портов.

[skv]

Попробовал ещё разные пакеты устанавливать, вот что получилось.

Если попросить себе htop или lsof, то pkg не злится.

Код: Выделить всё

qwerty@asdfg:~$   sudo pkg install --dry-run htop
Updating FreeBSD repository catalogue...
FreeBSD repository is up to date.
All repositories are up to date.
The following 2 package(s) will be affected (of 0 checked):

New packages to be INSTALLED:
	htop: 2.2.0
	lsof: 4.92.b,8

Number of packages to be installed: 2

172 KiB to be downloaded.

Если попросить уже установленный screen (не требуется обновление), тоже всё хорошо.

Код: Выделить всё

qwerty@asdfg:~$    sudo pkg install --dry-run screen
Updating FreeBSD repository catalogue...
FreeBSD repository is up to date.
All repositories are up to date.
Checking integrity... done (0 conflicting)
The most recent version of packages are already installed

Похожая беда возникает, если попросить себе fish

Код: Выделить всё

qwerty@asdfg:~$   sudo pkg install --dry-run fish
Updating FreeBSD repository catalogue...
FreeBSD repository is up to date.
All repositories are up to date.
The following 5 package(s) will be affected (of 0 checked):

Installed packages to be REMOVED:
	mod_php72-7.2.5
	apache24-2.4.33_1

New packages to be INSTALLED:
	fish: 2.7.0
	pcre2: 10.31

Installed packages to be DOWNGRADED:
	gdbm: 1.18.1 -> 1.13_1

Number of packages to be removed: 2
Number of packages to be installed: 2
Number of packages to be downgraded: 1

The operation will free 15 MiB.
3 MiB to be downloaded.

Также плохо, если ставить (апгрейдить) Vim

Код: Выделить всё

qwerty@asdfg:~$   sudo pkg install --dry-run vim
Updating FreeBSD repository catalogue...
FreeBSD repository is up to date.
All repositories are up to date.
The following 4 package(s) will be affected (of 0 checked):

Installed packages to be REMOVED:
	mod_php72-7.2.5
	apache24-2.4.33_1

Installed packages to be UPGRADED:
	vim: 8.1.0039 -> 8.1.0342

Installed packages to be DOWNGRADED:
	gdbm: 1.18.1 -> 1.13_1

Number of packages to be removed: 2
Number of packages to be upgraded: 1
Number of packages to be downgraded: 1

The operation will free 30 MiB.
7 MiB to be downloaded.

Судя по всему, и Vim и screen установлены из портов. Не уверен, что это что-либо значит.

Код: Выделить всё

qwerty@asdfg:~$ whereis screen
screen: /usr/local/bin/screen /usr/local/man/man1/screen.1.gz /usr/ports/sysutils/screen
qwerty@asdfg:~$
qwerty@asdfg:~$ whereis vim
vim: /usr/local/bin/vim /usr/local/man/man1/vim.1.gz /usr/ports/editors/vim

[skv]

Кто-то вообще сталкивался с подобным поведением pkg?
Приходилось чинить подобную проблему?

Гуглёж даёт какие-то не вполне внятные результаты.

Максимально близкое (на мой взгляд), что удалось нагуглить - pkg wants to remove certain packages

Решение, которое там описано:

Код: Выделить всё

20140826:
  AFFECTS: users of ports-mgmt/pkg, ports-mgmt/pkg-devel
  AUTHOR: bdrewery@FreeBSD.org

  Pkg has been updated to 1.3.7. This fixes registration and tracking of
  shared libraries. All earlier versions of Pkg incorrectly marked some
  shared libraries and used the wrong name for some.

  Please note announcement for special instructions at:
    http://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-ports-announce/2014-August/000086.html

  - Users need to run 'pkg update -f' and 'pkg check -Ba' after upgrading to
    pkg-1.3.7 and before updating any other packages. This avoids needing to
    reinstall anything not needed due to changed shlibs.
    For binary package users:
      # pkg install ports-mgmt/pkg
      # pkg update -f
      # pkg check -Ba
      # pkg upgrade
    For port users:
      # make -C /usr/ports/ports-mgmt/pkg build deinstall install clean
      # pkg check -Ba
  - People building packages for serving to other systems need to rebuild
    all packages with 1.3.7.

Какие могут быть проблемы, если просто попробовать применить такое решение и посмотреть что получится?

[skv]

В настоящее время

Код: Выделить всё

sudo pkg check -Ba

пишет в терминал кучу ошибок

Код: Выделить всё

pkg: fstat() failed for(/usr/local/.......): No such file or directory

Прям реально много. Большая часть связаны с llvm60, что-то с python2.7.
Подробный лог, если надо:

asdfg.txt.gz

(28.41 КБ) 9 скачиваний

[Neus]

На корабле несколько капитанов

собирай консилиум капитанов

[skv]

Вот тут и собираю )
А с теми каши не сваришь, они там уже мёртвые все.

[guest]

Вы либо используете ПАКЕТЫ и обновление ПАКЕТНЫЙ-МЕНЕДЖЕР: pkg
либо порты и тут только ПОРТ-МЕНЕДЖЕР: portmaster или portupgrade,
третьего не дано.

Мульон раз уже отписано:
- можно сперва установить все что устраивает по опциям сборки из ПАКЕТОВ через pkg,
а потом собирать из портов со СВОИМИ опциями, используя portmaster или portupgrade
и впоследствии только их использовать для АПГРЕЙДА.

В официальном репо-FreeBSD - своя зависимость, которую Вы нарушили после сборки и установки
из портов.
Единичные порты без зависимостей или порты для которых отсутствуют пакеты, могут позволить
установку из портов и затем продолжить апгрейд через pkg безболезненно и без нарушения
зависимостей.

Например:

Код: Выделить всё

#  pkg version -vRL=
Updating FreeBSD repository catalogue...
FreeBSD repository is up to date.
All repositories are up to date.
lame-3.100                         ?   orphaned: audio/lame
linux-flashplayer-30.0.0.113       ?   orphaned: www/linux-flashplayer
linux-oracle-jre18-8.172           ?   orphaned: java/linux-oracle-jre18
pysolfc-2.4.0                      ?   orphaned: games/pysolfc
subversion-static-1.9.7            ?   orphaned: devel/subversion-static
#

хорошо видно что "?" говорит об установке из портов или

Код: Выделить всё

# pkg query --all '%o-%n-%v - %R' | grep unknown-repository

все что из repo-freebsd будет FreeBSD.

Допустим произошли изменения в default версиях: perl, python ... - сие повлечет довольно
существенные изменения в зависимостях и апгрейд из официального репо - просто потребует
удалить и переустановаить кучу пакетов. И если в случае использования только pkg -
в репозитории связность присутствует, то после смешения пакетов и портов - связность
только Ваша, и репо-freebsd на нее клал и тут только portmaster или portupgrade.

Смысл понятен?

[Neus]

Или заделать свою репу. Собирать в ней пакеты со своими опциями. И апгрейд можно делать только через pkg.
Прокатит ?

[skv]

Смысл понятен?

Кажется да (но это не точно).
Получается, установка из портов тоже регистрирует пакеты (напр. apache24-2.4.33_1) с их зависимостями в единой с pkg базе?
А потом pkg стремится удалить, если возникают противоречивые зависимости (напр. gdbm) при установке другого пакета (напр. vim)?

В любом случае, спасибо за объяснение. А то я вырос в деревне без электричества, из вычислительных машин видел только бухгалтерские счёты

[guest]

Получается, установка из портов тоже регистрирует пакеты (напр. apache24-2.4.33_1) с их зависимостями в единой с pkg базе?

всю жизнь так было, и со старым пакетным менеджером:

# man ports
...
install Install the port and register it with the package system.
This is all you really need to do.