Вообще рулит аманда, но в гетерогенной русской сети рулит бакула. Я изучал этот вопрос, вот мое мнение:
1) аманда использует dump\tar\restore для собственно бэкапа и восстановления, а это очень хорошо, потому что, во-первых, это надежные проверенные временем вещи, кстати, рекомендованные хендбуком; во-вторых, в случае, если нагнется сервер аманды, то бэкап можно быстро поднять restore'ом и без него; в-третьих, это более юникс-вэй.
2) бакула намного, на мой субъективный взгляд, замороченней в настройке и, самое главное, в сопровождении. На её изучение уходит больше времени. Вообще сложность настройки уважающим себя сисадмином не должна считаться недостатком, но это, похоже, не тот случай

. Опять же, в связи с этим гораздо выше вероятность совершить ошибку в настройке, а поскольку бэкап - дело неторопливое, то ошибка эта может вылезти хрен знает когда. Например, в моем конфиге такой косяк - когда заполняется весь винт, бакула перестает писать резервные копии, и вылезла эта фигня через три месяца, когда она засрала терабайтный винт. На тестовом сервере все работало нормально.
3) конфиг бакулы более громоздкий. Возможность раскидать его по нескольким файлам не сильно поправляет. В итоге когда через год она перестает почему-то писать бэкапы, ты снова лезешь в конфиг, но ни хрена не помнишь, потому что уже год прошел, как ты его писал. Так вот, для того, чтобы в него снова вникнуть, понадобится больше времени, чем с амандой. А учитывая важность задачи (бэкапы ведь должны быть всегда, независимо от обстоятельств), это весомый недосток, как мне кажется.
4) бакула всю инфу о бэкапах хранит в базе, которая может оказаться узким местом, если нагнется.
НО
1) аманда не бэкапит файлы с именами в cp1251 с винды. Во всяком случае мне не удалось ее заставить. Соответственно, если у тебя есть файл-сервер, где бухгалтерия хранит свои доки, то это шах и мат

Собственно, исключительно по этой причине мне пришлось остановиться на бакуле.
2) не знаю как сейчас, а вроде раньше не было специального клиента под винду для аманды. Предлагалось запускать клиента в cygwin. Я вот лично не очень люблю всякие эмуляторы.
3) в сети, где серверов немного, конфиг бакулы громоздок и неповоротлив. А где их много, как мне представляется, все как раз наоборот. Даже с моими 10 серверами это начинало чувствоваться.
4) разделение сервера бакулы на директора и сервер хранения обеспечивает бОльшую гибкость, особенно когда ресурсы для хранения ограничены. У меня, например, был в сети специальный сервер для бэкапов с кучей винчестеров, там стоял директор и storage server. В какой-то момент он помер. Я перенес сервера хранения на 2 файл-сервера, у которых было меньше свободного дискового пространства. С амандой мне было бы сложнее провернуть такую фишку.
По поводу веб-интерфейса - у бакулы он есть и не один. Насчет аманды не знаю.