Это не проблема, а особенность реализации. Пока оно вот так, каждый пакет собирается с каким то набором зависимостей и они без его пересборки, довольно жестко определены и неизменны, есть планы что бы это изменить, но пока всё довольно зыбко и не понятно когда.
Так что у вас два выхода, ну вернее почти три:
- Использовать пакеты и смирится с их набором зависимостей.
- Использовать порты, получать то что хочется, но "жертвовать" ресурсы на сборку
- Сейчас данные методы лучше не смешивать, если очень надо, то как раз и подходит тот самый третий метод, собрать свой репозиторий, то есть собирать те же порты в пакеты, но на отдельной/той же машине, но в отличии от сборки только из портов, так же получаем целостное и воспроизводимое окружение, но уже с нашими опциями. Очень удобно для этого применять ports-mgmt/poudriere
Я тут кстати не так давно по теме немножко распинался, если интересно, вот
презентация, особенно полезно ознакомится с материалами доступными по ссылкам, ну или тупо прочесть
https://www.freebsd.org/doc/ru/books/ha ... ports.html
