forum.lissyara.su

Код: Выделить всё

gawk "{
if (  index (\"$protein\", \$3) && ! index (\"$protein\", \$6)) {printf \"%s %s %s \t%s %s %s %s %s\", \$1, \$2, \$3, \$4, \$5, \$6, \$7, `test3.sh \$3 \$5`}
}" file.in

Код: Выделить всё

awk '
NR=='$3'+15 { printf "%s %s %s %s", $1, $2, $4, $5 }      #выдаёт на выход строку с номером $3+15
' conservation/$1/$2/consurf.grades                       #в $1 и $2 передаётся адрес файла

Код: Выделить всё

cat file.in | awk 'if bla-bla { print $1, $3, `awk 'if NR==$4 {print}' $2.txt` }'

Код: Выделить всё

402 DC B 44 TYR A 14.78
402 DC B 297 GLN A 2.71
402 DC B 433 DG C 27.07
402 DC B 432 DG C 2.29
403 DC B 296 SER A 22.37
403 DC B 294 SER A 11.90
403 DC B 297 GLN A 16.23
403 DC B 433 DG C 11.81
403 DC B 432 DG C 26.74
403 DC B 431 DT C 2.74
404 DA B 296 SER A 24.73
404 DA B 432 DG C 18.04
404 DA B 430 DA C 10.79
404 DA B 431 DT C 23.49
405 DT B 258 ILE A 20.09
405 DT B 257 GLY A 14.46
405 DT B 430 DA C 17.97
405 DT B 431 DT C 0.86
405 DT B 255 GLY A 6.52
405 DT B 256 GLY A 5.46
405 DT B 429 DC C 2.33
405 DT B 254 TYR A 0.01
405 DT B 260 ALA A 5.57
405 DT B 261 LYS A 8.84
406 DG B 209 ARG A 18.35
406 DG B 258 ILE A 4.62
406 DG B 239 GLU A 4.29

Код: Выделить всё

if ! test -e test             #создаём папку test, если она не существует
then mkdir test
fi


for i in `ls conservation`; do        #прогоняем по всем папкам, имеющимся в conservation/

list=`ls -F conservation/$i | grep / | sed 's/\///'`      #создаём список list по всем определённым файлам, имеющимся в каждой подпапке conservation/$i/

if ! test -e test/$i                  # создаём папку test/$i, если она не существует
then mkdir test/$i
fi

echo $i > test/$i/info.txt
echo chains: $list >> test/$i/info.txt


protein=    #зануляем в начале цикла

for j in $list
do 
if test -e conservation/$i/$j/consurf.grades      #смысл if: если внутри conservation/$i/$j/ есть consurf.grades - 
then                                              #то добавляем имя подпапки $j к концу $protein
protein=$protein$j                                #можно было сделать через массив, но через index () показалось удобнее
fi
done
echo protein chains: $protein >> test/$i/info.txt     



gawk '{
if (  index ('$protein', $3) && ! index ('$protein', $6)) {print $1, $2, $3, $4, $5, $6, $7, `test3.sh $i $j $3`}
if (! index ('$protein', $3) &&   index ('$protein', $6)) {print $4, $5, $6, $1, $2, $3, $7, `test3.sh $i $j $5`}
}' residue/$i | sort -n | uniq > test/$i/contacts.txt

#смысл: работаем с полями 3 и 6. $protein приобретает перед началом вызова awk значение типа ABD, т.е. некоторое кол-ва лат. заглавных букв.
#Если $3 содержится в $protein, а $6 нет - то выводим строчку как есть (про $0 я в курсе)
#Если $3 не содержится в $protein, а $6 да - то выводим строчку, меняя местами первую и сторую половину
#В конце строки надо приписать рез-т вып. test3.sh, но gawk ругается, что test3 ничего не воводит, т.е. $i и проч. в него не передаются.


echo "~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~" >> test/$i/info.txt
done

Код: Выделить всё

awk '
NR=='$3'+15 { print $1, $2, $4, $5 }
' conservation/$1/$2/consurf.grades

Код: Выделить всё

   6	   A	  ALA106:A	 1.424		  1	 0.994, 2.317			    1,1			 301/301	F,S,T,N,K,E,V,Q,M,L,A,P,H,D,R,I,G
   7	   C	  CYS107:A	-1.026		  9	-1.035,-1.035			    9,9			 301/301	C
   8	   P	  PRO108:A	-0.273		  6	-0.684,-0.036			    8,5			   9/301	H,P
   9	   V	  VAL109:A	 0.364		  3*	-0.216, 0.994			    6,1			   9/301	A,I,V
  10	   E	  GLU110:A	 2.227		  1	 2.317, 2.317			    1,1			 301/301	S,T,N,K,E,V,Q,M,C,L,A,P,H,D,R,I,G
  11	   S	  SER111:A	 0.463		  3	 0.504, 0.504			    3,3			 301/301	A,S,T,N,K,Y,E,V,H,Q,D,I,G,L
  12	   C	  CYS112:A	-1.026		  9	-1.035,-1.035			    9,9			 301/301	C
  13	   D	  ASP113:A	-0.312		  6	-0.363,-0.216			    7,6			 301/301	A,S,T,W,N,K,E,H,M,D,R,G

Код: Выделить всё

i=10MH
gawk '{
{print $0, '`$i`'}
}' 1.txt

Код: Выделить всё

#! /bin/sh

i=10MH
gawk '{
{print $0, "'$i'"}
}' 1.txt

Код: Выделить всё

cat file.in | awk '
if bla-bla {
    p[1]=$1; p[2]=$2; p[3]=$3; p[4]=$4
    while(getline<p[2]".txt") {
        if (NR==p[4]) c[0]=$0
    }
    print p[1], p[3], c[0]
}'

Код: Выделить всё

awk 'blabla { print }' blah.txt

Код: Выделить всё

gawk "{
if (  index (\"$protein\", \$3) && ! index (\"$protein\", \$6)) {\"test3.sh '\"\$3\"' '\"\$5\"'\" | getline blah; printf \"%s %s %s \t%s %s %s %s %s\", \$1, \$2, \$3, \$4, \$5, \$6, \$7, blah }
}" file.in

Код: Выделить всё

gawk -v protein=$protein -v quote=\' '{
if (  index (protein, $3) && ! index (protein, $6)) {"test3.sh "quote$3quote" "quote$5quote | getline blah; printf "%s %s %s \t%s %s %s %s %s", $1, $2, $3, $4, $5, $6, $7, blah }
}' file.in

Код: Выделить всё

gawk '{
if (FILENAME ~ "residue") {
  m["'FNR'"]="";                      # зануляем элемент массива
  if (  index ("'$prot'", $3) && ! index ("'$prot'", $6)) { m["'FNR'"]=$3 }   # присвоение при выполнении условия
  print NR, FNR, m["'FNR'"]           # проверка присвоения и номера элемента массива
  row=FNR;                            # в конце файла "residue" row будет равно числу строк в этом файле
}

if (FILENAME ~ "conservation") {
  print m["'FNR'"]                    # МЕСТО №1
}

}
END {
for (k=1; k<=row; k++)
{print m["'k"]}                       # МЕСТО №2
}'

Код: Выделить всё

$ awk '
BEGIN {
    for(key in ENVIRON) {
        print "ENVIRON[\""key"\"]=\""ENVIRON[key]"\""
        count++
    }
    print "\nThere are", count, "element(s)"
}'

Код: Выделить всё

    #! /bin/sh
    i=ABC
    j=A B C
    gawk 'BEGIN { print '$i', '$j' }'

Код: Выделить всё

gawk: cmd. line:1: BEGIN {print ABC, A
gawk: cmd. line:1:                    ^ unexpected newline or end of string

Код: Выделить всё

#! /bin/sh
i=ABC
j="A B C"
awk 'BEGIN { print "'"$i"'", "'"$j"'" }'
awk -v i=$i -v j="$j" 'BEGIN { print i, j }'