Похоже ваш скрипт, который работал, то ли обновился, то ли что то изменилось в конфиге.
По логу и работе моей модификации скрипта - по логу видно, что базы на диске актуальной версии. Для проверки скрипта сделайте вот что:
1. Удалите папку логов и папку баз (или укажите другую папку).
2. Включите уровень логирования 5 (132 строка конфиг файла) и отключите ротацию логов (rotate = 0)
3. Остальные настройки конфига как у вас есть.
4. запустите обновление.
5. после завершения прикрепите полный лог файл
Файл скачивается со сменой расширения для распаковки unrar'ом