Меня больше всего настройки самой MySQL волновали, т.е. базы "mysql". Может, там где таблицу изменили, поле, формат... А сами данные — я где-то читал, что между системами с одинаковой разрядностью при переносе копированием проблем быть не должно. Собственно ещё один довод в пользу копирования — мы же льём дамп, снятый с другой версии базы? И не думаем, зальётся ли. Хотя, иногда и не заливается. А по сути, дамп есть слепок, уж как там двигло могло измениться от версии, не в курсе, не копал. Но склонен думать, что совместимость в рамках одного двига должна поддерживаться, иначе и название было бы другое — Maria, InnoDBSE
