В общем у меня похожий трабл:
freebsd:/usr/local/etc@[21:07]# pkgdb -F
---> Checking the package registry database
Missing origin: bsdpan-Mail-SpamAssassin-CompiledRegexps-body_0-1.0
-> Ignored. (the package is held; specify -f to force)
Расследование показало, что появилось это после запуска команды sa-compile (т.е. ручками был установлен Perl-овый модуль и зарегистрирован в системе (/var/db/pkg/).
Думаю, ничего страшного в этом нет, т.к. в настройках Portupgrade в файле /usr/local/etc/pkgtools.conf по умолчанию уже стоит ignore на такие модули:
HOLD_PKGS = [
'bsdpan-*',
]
Да и в рассылках на freebsd-questions говорят, что это не критично
