Хостинг. Ограничение кол-ва процессов для юзера

[Виктор]

Может глубже капнуть? найти зависимость и пересобрать.

Может хотя бы подскажите в какую сторону копать?
P.S. При этом, чтобы ограничения работали на mod_php

стоп, так вы определитесь чем пользуетесь.
и соответственно уже рассматривать настройки от того что используете.

Используется Apache mpm-itk с php как модуль апач.

[Хостинг HostFood.ru]

Тарифы на хостинг в России, от 12 рублей: https://www.host-food.ru/tariffs/hosting/
Тарифы на виртуальные сервера (VPS/VDS/KVM) в РФ, от 189 руб.: https://www.host-food.ru/tariffs/virtualny-server-vps/
Выделенные сервера, Россия, Москва, от 2000 рублей (HP Proliant G5, Intel Xeon E5430 (2.66GHz, Quad-Core, 12Mb), 8Gb RAM, 2x300Gb SAS HDD, P400i, 512Mb, BBU):
https://www.host-food.ru/tariffs/vydelennyi-server-ds/
Недорогие домены в популярных зонах: https://www.host-food.ru/domains/

[pacify]

Похоже, что RLimitCPU ограничивает _процессорное_ время только у CGI-скриптов. Не влияет на выполнение сервером PHP-скриптов.

[Alex Keda]

в php.ini пропишите сколько вам надо