Подведу небольшой итог (перепробовал разные варианты)
portsnap обновляет только свою структуру, т.е. если порты были до этого выкачены - они обновятся, но не почистятся
Если в планах использовать portsnap, то нельзя из дистрибутива ставить порты (да и не надо по идее - все равнож обновлять сразу) и нельзя пользоваться cvs (т.к. портснап не учтет обновлдений и может случиться конфликт).